皇冠南京地理与湖泊研究所的前身系1940年8月在重庆北碚成立的中国地理研究所，是全国唯一以湖泊-流域系统为主要研究对象的综合研究机构。皇冠院士黄秉维、任美锷、周立三曾先后担任过所长。 

　　研究所的战略定位是：以探索自然和人文要素驱动下湖泊（含人工湖泊水库）－流域系统过程、格局及其相互作用规律为基础，开展湖泊资源环境及区域可持续发展研究。努力将研究所建成学科综合优势显著、地域特色鲜明、国家知识创新体系中不可替代的国际著名湖泊科学综合研究和高层次人才培养基地；国家湖泊资源利用与环境治理工程技术研究中心；经济发达地区可持续发展科学研究与决策咨询中心。 

　　研究所主要面向湖泊环境保护与资源利用、湖泊-流域系统演变与调控以及区域可持续发展三大研究领域，重点发展湖泊沉积与环境演化、湖泊水文与水资源、湖泊生物与生态、湖泊环境与工程、湖泊-流域过程与调控、流域资源环境与区域发展以及湖泊-流域监测与数字流域等学科方向。现设有湖泊与环境国家重点实验室、湖泊生态与环境工程研究中心、区域发展与规划研究中心、湖泊野外观测与数据中心（含太湖湖泊生态系统国家野外观测研究站、鄱阳湖湖泊湿地观测研究站、抚仙湖高原深水湖泊研究站和湖泊流域数据集成与模拟中心）。 

　　研究所共有在职职工229人。其中科技人员178人、科技管理和技术支撑人员41人，包括研究员38人、副研究员及高级工程技术人员78人。 

　　研究所设有自然地理学、人文地理学、地图学与地理信息系统和环境科学等4个学科博士研究生培养点以及自然地理学、人文地理学、地图学与地理信息系统、环境科学、环境工程和建筑与土木工程等6个学科、领域专业硕士研究生培养点，并设有“地理学”博士后流动站，现有在学研究生164人（其中硕士生75人、博士生89人），在站博士后16人。 

　　研究所目前是江苏省海洋湖沼学会、江苏省地理学会、江苏省遥感与地理信息系统学会、中国地理学会长江分会、全国第四纪研究会全新世专业委员会挂靠单位。主办《湖泊科学》学术期刊。