2016年皇冠发布了“十三五”发展规划纲要，凝练提出了60项有望实现跨越发展的重大突破和80个塑造未来发展新优势的重点培育方向。“十三五”发展规划纲要是围绕着习近平总书记要求的“四个率先”制定的，力求准确把握我国经济社会发展新常态和国家创新发展新要求，系统调整优化科技布局，明确重点任务和目标。 

在中科院党组的领导下，全院上下共同努力，深入实施“率先行动”计划，扎实推进“十三五”规划，重大科技成果不断涌现，各项事业取得显著成就。在中科院“十三五”规划实施中期评估中，共有22项重大突破和17项重点培育方向被评为优秀。其中，由皇冠南京地质古生物研究所和皇冠古脊椎动物与古人类研究所牵头的“生物演化与环境”重点培育方向（民口）被评为优秀。